Han pasado los años y los mutantes están en declive. Logan, débil y cansado, vive alejado de todos hasta que acepta una última misión de Charles Xavier: la de proteger a una joven especial, de nombre Laura Kinney pero conocida como X-23, la última esperanza de la raza mutante.

Situada 17 años antes, narra los inicios del arma X y la forma en la que Wolverine se convirtió en mutante. Logan, convertido en un mutante que se hace llamar Wolverine, y que es capaz de sacar unas afiladas garras y de una fuerza y agilidad sobrehumana, ultima su venganza contra Victor Creed, culpable de la muerte de su novia. Mientras tanto, otros mutantes se acogen al programa X para unir sus fuerzas.

Ambientada en la década de los 70, los miembros de la famosa Patrulla X tendrán que evitar un futuro apocalíptico en el que los mutantes luchan por sobrevivir en campos de concentración controlados por los temibles Centinelas. Para ello, los héroes del universo Marvel deberán unificar sus fuerzas dejando a un lado la creciente enemistad de los bandos liderados por Charles Xavier y Magneto. Trask Industries, la empresa encargada de crear a estos gigantescos cazamutantes, será el origen de todos sus problemas. Tan sólo viajando en el tiempo podrán impedir la masacre que se avecina. ¿Serán capaces nuestros héroes de derrocar a la multinacional y evitar así el exterminio de su especie?

Los cinco jóvenes mutantes descubren sus habilidades mientras están recluidos en una instalación secreta contra su voluntad. Juntos, lucharán para escapar de sus pecados pasados y salvarse a sí mismos.